چھوٹی آنت بھی نظامِ ہاضمہ کا اہم جُزو ہے جو معدے سے متصل اور بڑی آنت سے پہلے واقع ہوتی ہے۔ غذا دانتوں سے چبانے کے بعد غذائی نالی سے معدے اور پھر معدے سے "ڈیوڈینم" میں سے گذر کر چھوٹی آنت میں داخل ہوتی ہے ،جہاں چھوٹی آنت کے عضلات اُسے مزید پیستے ہیں اور پھر یہ پِسی ہوئی غذا بڑی آنت میں داخل ہوجاتی ہے۔ چھوٹی اور بڑی آنت "اپنڈکس" کے مقام پر ایک دوسرے سے ملتی ہیں۔ چھوٹی آنت کے اندر اُنگلیوں جیسے اُبھار پائے جاتے ہیں جو غذا کی فاضل چربی کو جذب کرلیتے ہیں اور ہاضمے کے خامرے بھی خارج کرتے ہیں۔ ایک بالغ مرد میں چھوٹی آنت کی لمبائی 6.9 میٹر اور بالغ عورت میں7.1 میٹر تک ہوتی ہے جبکہ اس کا قطر تین سینٹی میٹر تک ہوتا ہے۔ چھوٹی آنت کو تین حصوں میں تقسیم کیا جاسکتا ہے۔ Duodenum Jejunum Ileum غذا اَمائنو ایسڈ کی موجودگی میں چھوٹی آنت میں ہضم ہوکر بڑی آنت میں داخل ہوجاتی ہے۔پِتّا بھی چھوٹی آنت میں "پنکریاٹک ڈکٹ" کے ذریعہ صفرا خوراک میں شامل کرکے اسے مزید قابلِ ہضم بناتا ہے اور اس طرح غذا کے انہضام کا اچھا خاصہ مرحلہ چھوٹی آنت میں مکمل ہوجاتا ہے۔ جیسا کہ پہلے بتایا گیا ہے کہ چھوٹی آنت غذا کے ہاضمے کا ایک طویل راستہ ہے یہ تین حصّوں یعنی اثنا عشری آنت‘ خالی آنت Jejunum اور پیچیدہ آنت Ileum پر مشتمل ہوتی ہے۔ ان تینوں حصّوں میں ظاہری اور فعلی اعتبار سے کافی مشابہت پائی جاتی ہے۔ جوفِ شِکم کا زیادہ تر حصّہ اسی آنت سے گِھرا ہوتا ہے۔ پیٹ میں یہ آزادانہ حرکت پذیر لچّھوں کی شکل میں ہوتی ہے جو ایک پتلی جِھلّی "دار بافت" سے کمر کے ساتھ جُڑی ہوئی ہوتی ہے۔ یہ ایک ہموار‘ نم دار اور نازک جِھلّی سے ڈھکی ہوتی ہے۔ یہ جِھلّی پیٹ کا پردہ "باریطون" Peritoneum کہلاتی ہے۔ یہ جِھلّی شِکمی جوف میں اَستر کی شکل میں موجود ہوتی ہے۔ چھوٹی آنت کے اندر اُنگلیوں جیسے نازک اُبھار ہوتے ہیں جنہیں خملات Villi کہتے ہیں۔ یہ کثیر تعداد میں ایک دوسرے کے قریب ہوتے ہیں۔ چھوٹی آنت میں خودبخود مسلسل حرکت پیدا ہوتی رہتی ہے جس سے آنت کے اندر موجود غذا آگے بڑھتی ہے۔ ہاضمے کا سب سے زیادہ عمل اسی آنت میں انجام پاتاہے۔